La ciudad de San Martín de los Andes se encuentra sobre el paralelo 40° sur, y el meridiano 71° oeste, a unos 640 msnm.

En la zona de los lagos, en el Parque Nacional Lanín, podemos encontrar distintas eco-regiones: Bosque Andino Patagonico (en los lagos Lacar, Lolog, Machonico, etc) y una zona de transición con la Selva Valdiviana a medida que nos vamos hacia el oeste (Lago Queñi, quillen, extremo oeste del lago Huechulafquen, etc).

En el Bosques Andino Patagónico encontramos un clima templado-frío y húmedo, con nevadas y lluvias invernales y con vientos predominantes del Oeste. La precipitación ronda los 1.500 mm anuales.

Se caracteriza por un paisaje de montaña de relieve abrupto y escarpado con valles de origen glaciario.

La zona de ecotono o de transición tiene características propias de la selva valdiviana y se caracteriza por tener bosques siempre verdes de múltiples estratos, en un  clima  templado-lluvioso. Aquí las precipitaciones rondan los 4.000 mm anuales.

Debido a su aislamiento geografico, la selva valdiviana se destaca por su elevada cantidad de especies  endémicas.

En San Martín de los Andes, el periodo de lluvias oscila de marzo a diciembre, con estación seca en verano.

En verano los días son cálidos y muy soleados. La temperatura oscila entre los 9º y 27º C.
En otoño la temperatura varía entre los 4º y 13º C. En esta temporada se presenta la mayor cantidad de lluvias.
En invierno los días son fríos con precipitaciones níveas en las montañas de los alrededores y ocasionalmente en el pueblo. Las temperaturas durante el día oscilan entre 0º y 10º C. 
En primavera continúan las noches frías y días frescos pero éstos comienzan a alargarse y las temperaturas se elevan hasta alcanzar registros de entre 7º y 20º C.